Plusieurs espèces menacées au niveau local et mondial sont présentes à Khomiin Tal. Conformément à son approche intégrée, TAKH souhaite mettre en place des actions de conservation ciblée avec l'aide des habitants de Khomiin Tal.
Mammifères
63 espèces de mammifères dont 7 sont menacées au niveau mondial, sont présentes dans le Parc National de Khar Us Nuur. Une majorité de ces espèces sont présentes à Khomiin Tal. Parmi ces animaux on trouve de petits mammifères tels que hamsters nains, pikas et gerboises, ainsi que des carnivores comme le renard, le loup et le chat de Pallas. Il y a également des ongulés comme le bouquetin et deux espèces de gazelles.Le braconnage pour la viande et les peaux sont une menace grandissante pour les espèces en Mongolie comme en témoigne un rapport de 2006 de la banque mondiale. TAKH a donc embauché deux gardes pour contenir ce fléau et surveiller Khomiin Tal. Ces gardes mènent aussi des comptages des deux espèces de gazelles présentes. La première est la gazelle à queue blanche (Procapra gutturosa), dont Khomiin Tal accueille la seule population de l'ouest de la Mongolie. La seconde est la gazelle à goitre (Gazella subgutturosa), classée "vulnérable" dans la liste rouge de l'UICN. Ces comptages indiquent qu'environ 200 gazelles à queue blanche et 30 gazelles à goitre sont présentes sur place.
Oiseaux
Grâce à sa mosaïque d'habitats, Khomiin tal possède une avifaune variée. Les zones humides présentes sont d'une importance cruciale pour les espèces migratrices et nicheuses. Cette importance est d'ailleurs reconnue au niveau international, le Park National de Khar Us Nuur faisant partie des sites "RAMSAR" et Khomiin Tal ayant le statut de "Important Bird Area" conformément aux critères de BirdLife International.Baga Nuur, un petit lac salé du sud de Khomiin Tal riche en Artemia salina, un petit crustacé, est particulièrement riche. Un comptage en août 2007 a recencé 9 460 oiseaux de 58 espèces différentes dont la Mouette relicte (Larus relictus). De très nombreux rassemblement de Syrrhaptes paradoxaux (Syrrhaptes paradoxus) se produisent également. Le long de la rivière Zavkhan, d'autres espèces patrimoniales sont présentes comme l'Oie cygnoïde (Anser cygnoides), le Faucon sacre (Falco cherrug), le Pygargue de Pallas (Haliaeetus leucoryphus) ou le Tadorne casarca (Aythya nyroca).
Pour aider ces espèces, TAKH mène des comptages réguliers a Baga Nuur. TAKH a également installé des radeaux sur lesquels les oiseaux d'eau peuvent nicher, ainsi que des plates formes en haut de perches à destination du Pygargue de Pallas. Ces sites de nidification artificiels permettent d'empêcher prédateurs et braconniers d'accéder aux oeufs et aux juvéniles.